Ellen Margrethe Stein talte syngemester Siboni og billedhuggeren Theobald Stein blandt sine forfædre og havde således kunstnerblod i årene. Hun tog først en lærereksamen og blev derefter uddannet 1916-18 på Det kgl. Teaters elevskole og debuterede som Maria i "Helligtrekongersaften". De følgende år var hun knyttet til Aalborg Teater og Otto Jacobsens turnéer. I 1919 blev hun tilknyttet til Albrecht Schmidts og Axel Illums selskab og spillede 1921-22 hos Jacob Jacobsen, 1923-24 hos Peter Kjær og 1924-29 hos Otto Jacobsen. Efter optræden i provinsen var hun senere i Riddersalen og på Dagmarteatret 1933-1937 og i sæsonen 1938-39 ved Aarhus Teater - free lance 1939-1943 bl.a. Nygadeteatret og Folketeatret og især på Det Ny Teater i årene 1943-1959. I årene 1967-68 var hun på Det ny Scala. Hun havde gennem årene også engagementer ved Aarhus Teater og Riddersalen. Hun havde bl.a. roller som fru Lechat i "Forretning er forretning", Fabia i "Vejen til Rom", fru Wang i "Lille rislende kilde", ammen i "Medea" og bedstemoderen i "Tango". Ellen Margrethe Stein medvirkede i både radio og TV.