Vijf jaar geleden namen Shirou Emiya en zijn inmiddels overleden pleegvader Kiritsugu een meisje met buitengewone krachten in huis dat volledig geïsoleerd was opgegroeid van de buitenwereld. Hoewel Shirou weet dat hij Miyu alleen moet behandelen als een middel om de mensheid te redden, voelen de twee zich steeds meer met elkaar verbonden als echte broers en zussen. Maar voordat Shirou Miyu's eerste wens kan vervullen, wordt ze ontvoerd door de familie Ainsworth, die haar willen opofferen. Nu moet Shirou een moeilijke beslissing nemen omdat de grens tussen rechtvaardig en onmenselijk handelen niet langer zo duidelijk lijkt als hij dacht.