Nachdem er sich nach Beendigung des Kalten Krieges nach Yukon zurückgezogen hatte, wird der Agent Nick Fury von der Geheimbehörde S.H.I.E.L.D. reaktiviert. Er soll die Nachkommen der terroristischen Organisation Hydra unter der Führung des deutschen Baron von Stucker und seiner Tochter Viper aufhalten, die einen tödlichen Virus freisetzen und die amerikanische Bevölkerung auslöschen wollen. Doch das soll Nick Fury um jeden Preis verhindern.