Thomas Tog – Jernbanens konge er en ”langfilm” fra det velkendte univers om Thomas Tog og alle hans venner på øen Sodor. En helt speciel gæst ankommer til Sodor, med en stor overraskelse og en meget vigtig opgave til Thomas, Percy og James. Togene møder nye venner og opdager våbenskjolde, rustninger og legender om gamle helte. Deres tapperhed er sat på prøve, da deres nye ven Stephen forsvinder. Kan Thomas finde ham? Vil togene afsløre sandheden om Sodors store mysterium?