'Spionen fra U.N.C.L.E.' foregår 1963. Den kolde krig er på sit højeste, og forholdet mellem USA og Sovjetunionen er mildest talt kritisk. Da den amerikanske CIA-agent, Napoleon Solo, hjælper datteren af en eks-nazist ud af Østberlin, sker det for næsen af den russiske KGB-agent, Illya Kuryakin. Til begges store overraskelse krydses deres veje igen, da spionerne må arbejde sammen for at forhindre en kriminel organisation i at bygge deres egen atombombe. Samarbejde, god stil og snilde skal nu sikre verdensfreden.